哲宗即位，苏轼回朝任礼部郎中、中书舍人、翰林学士，元祐四年（1089）拜龙图阁学士，知杭州，经过金山时再谒了元，并在此小住。了元所居之方丈地势高峻，名妙高台。苏轼写诗赞美，其中有曰：〞我欲乘飞车，东访赤松子，蓬莱不可到，弱水三万里。不如金山去，清风半帆耳，中有妙高台，云峰自孤起〞；〞台中老比丘，碧眼照窗几，巉巉玉为骨，凛凛霜入齿，机锋不可触，千偈如翻水，何须寻德云，只此比丘是。长生未暇学，请学长不死〞。(注9)
既赞叹金山地势秀峻如东海蓬莱的仙山，又赞美了元风姿俊逸，禅机锐利，才德出众，表示自己想从他学〞长不死〞之术。苏轼仕路坎坷，绍圣元年（1094）贬官宁远军节度副使，安置惠州。在这期间了元致书慰问，对苏轼〞三十年功名宝贵，转盼成空〞表示感慨，劝他将过去〞一笔勾断〞，〞寻取自家本来面目〞。（《居士分灯录》卷上）